Maëlle Pomies

UMR IAM

Ingénieure / Dec 2025 à Fev 2027

Analyse des données de diversité microbienne des échantillons de sol

Ma mission consiste à analyser la diversité microbienne des sols en développant une base de données fongiques compatible avec des analyses d’inférence fonctionnelle. Je mets en place des méthodologies d’inférence pour les communautés fongiques. Je vais réaliser le traitement des données de métagénomique amplicon, l’analyse biostatistique des résultats et leur interprétation.

Pierre Verjans

UMR FARE

Doctorant / Fev 2025 à Fev 2028

Contrôles minéralogiques et microbiens de la stabilisation des matières organiques dans les sols

Les matières organiques du sol (MOS) jouent un rôle écologique essentiel dans les écosystèmes, car elles améliorent la capacité des sols à assurer des fonctions comme la croissance de la biomasse, la régulation du cycle de l'eau et le stockage du carbone. Les communautés microbiennes du sol occupent une place centrale dans la régulation des dynamiques des MOS. En les consommant, elles en minéralisent une partie sous forme de CO2 atmosphérique, et en transforment une autre partie en composés organiques capables de se lier durablement avec les surfaces minérales du sol. Le cycle des MOS comprend donc une multitude de processus complexes et interdépendants, dont l’intensité peut varier selon des paramètres pédoclimatiques et d’usage des sols. L’objectif de ma thèse est d’explorer ce cycle dans les sols de 9 sites expérimentaux répartis en France métropolitaine et présentant des types de sols, des climats et des pratiques de gestion contrastés.

Ana Paula Brandao

UMR FARE

Doctorant / Nov 2025 à Oct 2028

Étude et modélisation des mécanismes d’utilisation du carbone et de l’azote par les communautés microbiennes du sol dans les écosystèmes terrestres

L’objectif de cette thèse est de caractériser l’utilisation microbienne du C et du N lors de la décomposition de la matière organique en conditions de gestion agroécologique, et d’adapter le modèle mécaniste CANTIS à des situations limitées en azote. Des expériences d’incubation contrôlées utilisant des litières végétales et des sols marqués au ¹³C et au ¹⁵N provenant d’écosystèmes contrastés permettront de quantifier les flux de C et de N générés par les micro‑organismes. Les données obtenues amélioreront la compréhension des processus et contribueront à l’adaptation d’outils de simulation et d’aide à la décision pour une gestion durable des systèmes agricoles et forestiers.